[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
irandoc irandoc irandoc irandoc irandoc
:: دوره 31، شماره 2 - ( زمستان 1394 ) ::
جلد 31 شماره 2 صفحات 581-600 برگشت به فهرست نسخه ها
ساختارهای داده نمایه سازی و توالی های ژنوم و پروتئینی
عادله اسعدی
دانشجوی دکتری علم اطلاعات و دانش شناسی دانشگاه شیراز
چکیده:   (2304 مشاهده)

ساختار داده ابزاری برای ذخیره و بازیابی بوده و به طور کلی، روش منطقی و ریاضی یک سازماندهی خاص از داده ها نامیده می شود. کشف توالی های مختلف ژنوم و پروتئین در جانداران مختلف نیاز به نمایه سازی آن و نوع ساختار داده متناسب، در جهت بازیابی سریعتر را افزایش داده است. ساختارهای داده رشته ای در طول سال های اخیر پرکاربردترین ساختارهای داده نمایه سازی ژنوم بوده است. به لحاظ روش پژوهش این مقاله حاضر مروری بوده و با بررسی مقالات مختلف مرتبط، سه نوع ساختار داده نمایه سازی پایگاههای ژنوم از جمله رشته ای، درخت پسوندی، آرایه پسوندی و نمودار مارپیچ مستقیم کلمه را معرفی می نماید. نتایج پژوهش نشان می دهد که درخت پسوندی و نمودار مارپیچ مستقیم کلمه ساختارهایی با حجم بالا و آرایه پسوندی حجم کمتری را در حافظه اشغال می کنند. درخت پسوندی و نمودار مارپیچ مستقیم کلمه، نسبتا پویا بوده اما آرایه پسوندی ساختاری مرتب شده بوده و تغیر داده ها در این ساختار به سختی صورت می گیرد. آرایه پسوندی می تواند بر روی حافظه های جانبی ذخیره پیاده سازی شود با وجود اینکه بازیابی داده ها در آن به کندی صورت می گیرد. اما در مورد نمودار مارپیچ مستقیم کلمه امکان ذخیره سازی در حافظه جانبی امکان نداشته و درخت های پسوندی نیز ناکارآمد می باشد.

واژه‌های کلیدی: ساختار داده، ژنوم، نمایه سازی، درخت پسوندی، آرایه پسوندی، نمودار مارپیچ مستقیم کلمه، فایل مقلوب
متن کامل [PDF 641 kb]   (725 دریافت)    
نوع مطالعه: مروري | موضوع مقاله: فناوري اطلاعات
دریافت: ۱۳۹۴/۱/۱۷ | پذیرش: ۱۳۹۴/۵/۱۹ | انتشار: ۱۳۹۴/۷/۱۸
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

کد امنیتی را در کادر بنویسید >


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

asadi A. Data structures of genome and protein sequences indexing. Journal of Information Processing and Management. 2016; 31 (2) :581-600
URL: http://jipm.irandoc.ac.ir/article-1-2821-fa.html

اسعدی عادله. ساختارهای داده نمایه سازی و توالی های ژنوم و پروتئینی. پژوهشنامه پردازش و مديريت اطلاعات. 1394; 31 (2) :581-600

URL: http://jipm.irandoc.ac.ir/article-1-2821-fa.html



دوره 31، شماره 2 - ( زمستان 1394 ) برگشت به فهرست نسخه ها
پژوهشنامه پردازش و مدیریت اطلاعات Journal of Information processing and Management
نقشه پايگاه | پرسش‌هاي متداول | اطلاع‌رساني به دوستان | آمار پايگاه | حقوق | مسئوليت محتوا | روزآوري: ۱۳۹۶/۱۲/۲۷
كليه حقوق براي فصل‌نامه پردازش و مديريت اطلاعات محفوظ است.
Persian site map - English site map - Created in 0.37 seconds with 36 queries by YEKTAWEB 3647