Iranian Journal of Information Processing and Management

Iranian Journal of Information Processing and Management

Comparing the functionality of ontology design software with an emphasis on Persian language: Designing an evidence-based medical ontology prototype

Document Type : Original Article

Author
Tabriz
Abstract
Using tools describe clearly and accurately the steps, components and relationships between components of phenomena graphically or hierarchically is one of the conventional methods of education. Ontology is a branch of philosophy for studying the nature of existence and give us a general picture of existence. In this article, by evaluation of some ontology designing software and selection of the best, we tried to provide a clear, formal and accurate description of the evidence-based medical field and the relationships between its components. Therefore, the main goal of this research is to identify the strengths and weaknesses of the ontology designing software and their functionality in Persian language by using the prototype design of ontology in the field of evidence-based medicine.
This article is an applied research with library research and content analysis methods used to collect data. To identify ontology design software, a list of ontology design software was prepared by searching Google and Science Direct document databases, World Wide Web Consortium website, Wikipedia, Mohed’s article and various websites. 151 software were found, some were not restored and removed from the list. In the final review, 32 software were examined to select the most used and easiest software. Kogoi, Swap, Obo-Editor, Apollo and Protégé were selected as examples for the review. All of the softwares were installed, evaluated by reading the software training articles, the software guidebook and the reviews about and use of the software itself. The five investigated software were compared and by choosing the most suitable software, evidence-based medicine ontology was designed.
In the review of the software, all programs are free to download and were written under Java program. In terms of learning and using of software, Protege program, Obo-Editor and Kogoi are simpler and less complicated and have useful resources to learn the software. Protege and Kogoi have better features and support, and their use was associated with fewer problems, especially in the design of ontology in Persian language. Since Protege software is more compatible with the standards of ontology design, this software was selected for the design of evidence-based medical ontology and was designed through 7 steps. Considering that this ontology is a prototype, all its classes and relationships should be added. It is proposed to develop this ontology for future research.
Keywords
Subjects

احمدی، حمید، فریده عصاره، ملوک‏السادات حسینی بهشتی، و غلامرضا حیدری. 1396. طراحی سامانه نیمه‏خودکار ساخت هستی‏شناسی به‏ کمک تحلیل هم‏رخدادی واژگان و روش C-value (مطالعه موردی: حوزه علم‏سنجی ایران). پژوهشنامه پردازش و مدیریت اطلاعات 33 (1): 185-216.
اسعدی، عادله. 1394. اصول خدمات کتابداری بالینی. تبریز: احرار.
امیری محمدرضا، و مریم سلامی. 1392. کاربرد هستی‏شناسی‏های وب معنایی در نظام‏های اطلاع‏رسانی پزشکی. مجله علمی‏پژوهان ۱۲ (۱): ۱-۱۰.
بذرپیشه، زهرا، و محمدرضا فیضی درخشی. 1392. مروری بر روش‏های گسترش پرس‏وجوی مبتنی ‏بر هستان‏شناسی و تحلیل سراسری. کنگره ملی مهندسی برق، کامپیوتر و فناوری اطلاعات. مشهد.
تمجید، سمیه، فاطمه نوشین‏فرد، ملوک‏السادات حسینی بهشتی، نجلا حریری، و فهیمه باب‏الحوائجی. 1401. امکان‏سنجی توسعه هستی‏شناسی به‏ روش نیمه‏خودکار مبتنی ‏بر تحلیل بسامد واژگان: مطالعه موردی بیماری گلوکوم. پژوهشنامه پردازش و مدیریت اطلاعات 39 (1): 131-155.
ثنایی‏فر، علی، احمد فراهی، و محمود تارا. 1394. تحلیل و بررسی روش‏های استدلال معنایی در سیستم‏های توصیه‏گر هوشمند. کنگره بین‏المللی فناوری، ارتباطات و دانش. مشهد.
حسینی بهشتی، ملوک‏السادات، و فاطمه اژه‏ای. 1394. طراحی و پیاده‏سازی هستی‏شناسی علوم پایه بر اساس مفاهیم و روابط موجود در اصطلاحنامه‏های مرتبط. فصلنامه پژوهشگاه علوم و فناوری اطلاعات ایران 30 (3): 677-696.
زارعیان، سپیده، و حسن ختن‏لو. 1392. مجتمع‏سازی پایگاه داده‏های ناهمگن با استفاده از آنتولوژی. همایش ملی شهر الکترونیک. همدان.
زاهدی، راضیه، غلامرضا امین، مهرداد کریمی، و محمدرضا علی‏بیک. 1392. روش‏شناسی ایجاد هستی‏شناسی مبتنی ‏بر نظام زبان واحد پزشکی: مطالعه موردی هستی‏شناسی گیاهان دارویی ایران. کتابداری و اطلاع‏رسانی 16 (3): 81-100.
زنجانی، محمد، و محمد براآنی. 1390. روش جدید خوشه‏بندی مستندات متنی الکترونیکی فارسی به ‏کمک واژه هستان‏شناسی فارس‏نت. اولین کنفرانس ملی دانش‏پژوهان کامپیوتر و فناوری اطلاعات. تبریز.
ژاکوب، الین ک. 2003. هستی‏شناسی و وب معنایی. ترجمه فاطمه شیخ‏شعاعی. 1384. فصلنامه کتاب 64: 189-194.
شریف، عاطفه. 1387. کاربرد هستی‏شناسی‏ها در نظام مدیریت دانش. کتابداری و اطلاع‏رسانی 11 (3): 97-116.
صنعت‏جو، اعظم. 1384. ضرورت بازنگری در ساختار اصطلاحنامه‏ها: بررسی عدم کارایی اصطلاحنامه‏ها در محیط اطلاعاتی جدید و قابلیت‏های هستی‏شناسی‏ها در مقایسه با آن. فصلنامه کتاب 16 (4، پیاپی 64): 79-92.  
_____، و اکرم فتحیان دستگردی. 1390. مقایسه کارآمدی اصطلاحنامه و هستی‏شناسی در بازنمون دانش. طراحی و ساخت نمونه هستی‏شناسی اصفا. پژوهشنامه کتابداری و اطلاع‏رسانی 1 (1): 219-240.
فتحیان ‏دستگردی، اکرم. 1401. طراحی الگوی اولیه هستی‏شناسی پزشکی دوره اسلامی مبتنی ‏بر اصطلاحنامه. نشریه فرهنگ و ارتقاء سلامت ۶ (۱): ۵۶-۶۳.
فیضی، محمدرضا، و مهسا صباغ. 1389. استفاده از هستی‏شناسی جهت افزایش دقت الگوریتم‏های تخمین مشابهت بین فیلدها. سومین همایش ملی مهندسی کامپیوتر و فناوری اطلاعات. همدان.  
قاضی، شیوا، بابک تیمورپور، و بهمن عابدی. 1392. طراحی هستان‏نگاری برای کشف دانش واکسن ایران. اولین کنفرانس ملی رویکردهای نوین در مهندسی کامپیوتر و بازیابی اطلاعات ایران. رودسر.
کسابی، بعثت، مسعود رهگذر، و علیرضا وظیفه‏دوست. 1392. روش نوین انطباق هستی‏شناسی‏ها با استفاده از پیکره‏های متنی. فصلنامه پژوهشگاه علوم و فناوری اطلاعات ایران 3 (28): 807-827.
لوزر، بوریس. 2004. از اصطلاحنامه‏ها تا هستی‏شناسی‏ها. ترجمه نرگس قدیمی. 1384. فصلنامه کتاب 64: 145-150.
محمداسماعیل، صدیقه، و لاله صمدی. 1389. بررسی هستی‏شناختی فرااصطلاحنامه نظام زبان پزشکی واحد. مدیریت اطلاعات سلامت 7 (2) (پیاپی 14): 147-160.
معتمدی فروغی، محمدرضا. 1395. بررسی مفهوم هستا‏ شناسی در وب معنایی و مقایسه هستان‏شناسی‏ها. دومین همایش ملی رویکردهای نوین در مهندسی کامپیوتر و برق. تهران.
میرزابیگی، مهدیه. 1390. کاربرد هستی‏شناسی در فرایند بازیابی اطلاعات: مروری بر پژوهش‏های جاری و ارائه الگوی مفهومی. فصلنامه پژوهشگاه علوم و فناوری اطلاعات ایران 27 (2): 237-253.
نوروزی، یعقوب، و افسانه یلوه. 1401. ارزیابی و تحلیل نرم‏‏افزار‏‏های پرکاربرد تولید هستی‏‏شناسی در بازنمون مفاهیم. علوم و فنون مدیریت اطلاعات 8 (3): 147-176.
References:
The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University. 2020. Software. https://protege.stanford.edu/software.php (accessed Oct 6 2024)
Camerona, Joshua D., Arkalgud Ramaprasadb, & Thant Syn. 2017. An ontology of and roadmap for mHealth research. International Journal of Medical Informatic 100: 16–25
Glasziou, P. P., C. Del Mar, & J. Salisbury. 2009. Evidence-based practice workbook.: John Wiley & Sons. Gordon Guyatt, Maureen O. Meade. 2015. Users’ Guides to the Medical Literature. New York: JAMA.
Kalyanpu, Aditya, Bijan Parsia, Evren Sirin, Bernardo Grau Cuenca, & James Hendler. 2005. Swoop: A Web Ontology Editing Browser. Web Semantics: Science, Services and Agents on the World Wide Web. 4: 144–153
Maggio, Lauren A., Olle ten Cate, H. Carrie Chen, David M. Irby, and Bridget C. O’Brien. 2016. Challenges to Learning Evidence-Based Medicine and Educational Approaches to Meet These Challenges: A Qualitative Study of Selected EBM Curricula in U.S. And Canadian Medical Schools. Academic Medicine 91 (1): 101-106.
Mohd Zaid, Norasykin, Kim Lau Sim. 2014. Emerging of Academic Information Search System with Ontology- Based Approach. Procedia - Social and Behavioral Sciences 116: 132 – 138.
Nordenstrom, Jorgen. 2007. Evidence-Based Medicine in Sherlock Holmes’ Footsteps. Malden: Blackwell.
Noy, N. F.; & D. L. McGuinness. 2001. Ontology Development 101: A Guide to Creating Your First Ontology. Stanford: Stanford Knowledge Systems Laboratory Technical Report and Stanford Medical Informatics Technical Report.
Sackett, D. L., & W. M. C. Rosenberg. 1995. On the need for evidence-based medicine. Journal of Public Health, 17 (3): 330-334.
Sim, Ida, Samson W. Tu, Simona Carini, Harold P. Lehmann, Brad H. Pollock, Mor Peleg, and Knut M. Wittkowski. 2014. The Ontology of Clinical Research (OCRe): An informatics foundation for the science of clinical research. Journal of Biomedical Informatics 52: 78–91.
World Wide Web Consortium. 2013. Web Ontology Language (OWL). https://www.w3.org/2001/sw/wiki/OWL (accessed Oct. 6, 2024)
Volume 39, Issue 4 - Serial Number 119
Summer 2024
Pages 1351-1385

  • Receive Date 30 January 2023
  • Revise Date 05 September 2023
  • Accept Date 10 September 2023